Работа с базой данных имеет как свои преимущества, так и недостатки. К достоинствам можно отнести значительное сокращение кода (иногда в 2- 3 раза) по сравнению с файловыми вариантами Web-приложений, что сокращает время разработки и упрощает процесс отладки. К недостаткам причисляется зависимость приложения не только от работоспособности Web-сервера, но и от работоспособности сервера баз данных. Разумеется, вероятность того, что один из двух серверов может выйти Из строя, выше по сравнению, если бы работа Web-приложения зависела только от одного сервера. Кроме того, непосредственная работа с файловой системой осуществляется быстрее по сравнению со случаем, когда в качестве посредника для работы с ней выбирается СУБД. Так поисковая система Google, известная высокой скоростью обработки запросов, основана на модели плоских файлов и не использует базы данных. С другой стороны, РНР, как интерпретируемый язык, не может достичь производительности баз данных, реализованных на С.

Изначально СУБД MySQL планировалась как одна из быстрых баз данных и поддерживала единственный тип таблицы - ISAM, который обеспечивает индексно-последовательный метод доступа. Для ускорения выполнения запросов дескриптор ISAM не поддерживает транзакции и ряд операторов SQL. Тип таблицы ISAM является устаревшим. Он применялся в ранних версиях MySQL, использование его в настоящее время нежелательно, т. к. в будущем его поддержка может быть удалена. Этот вид таблиц был заменен на новый - MylSAM, являющийся стандартным типом по умолчанию.